Chùa Dơi còn được biết đến với tên gọi khác là chùa Mã Tộc hoặc chùa Mahatup. Quần thể kiến trúc tại đây tiêu biểu cho văn hóa tín ngưỡng của cộng đồng dân tộc Khmer và được công nhận là Di tích nghệ thuật cấp Quốc gia vào năm 1999. Hiện nay, chùa Dơi không chỉ là nơi sinh hoạt văn cộng đồng và tổ chức các lễ hội truyền thống của người dân trong vùng mà còn là điểm tham quan thu hút rất đông tín đồ du lịch ghé đến khám phá.
Theo những thông tin trong các thư tịch cổ ghi chép lại thì chùa Dơi được khởi công xây dựng vào năm 1569, cách nay khoảng hơn 450 năm. Lịch sử lâu đời của chùa Dơi chỉ xếp sau chùa Kos Tung. Ban đầu, đây chỉ là một ngôi chùa nhỏ với phần chánh điện dựng lên bằng tre lá. Về sau, nhờ người dân quyên góp nên chùa được xây lại bằng gạch, mái lợp ngói.

Tới năm 1960, chùa Dơi được sửa chữa quy mô lớn, thay đổi gần như toàn bộ phần kiến trúc với những đường nét mang đặc trưng của người Khmer. Tới năm 2008, một sự việc không may xảy đó là chùa bị cháy gần như toàn bộ khu vực chánh điện. Đến tháng 4/ 2009, nhờ sự quan tâm của các Ban ngành và người dân đóng góp nên chùa đã được phục chế lại như cũ.

Năm 2013, khu du lịch Chùa Dơi Sóc Trăng chính thức được đưa vào hoạt động. Tuy ngân sách chưa đủ để khiến nơi đây khoác lên mình một diện mạo hoàn toàn mới, rực rỡ như những ngôi chùa nổi tiếng hàng đầu khác nhưng các tiện ích gồm bãi đậu xe rộng rãi, nhà hàng, xe điện… cũng đã được bổ sung để phục vụ khách thập phương đến tham quan, chiêm bái

Chùa Dơi ban đầu được đặt tên là chùa Mahatup theo ngôn ngữ của người Khmer. Sau này, vì gắn với sự xuất hiện của loài dơi ở khắp khuôn viên nên người dân mới quen gọi tên ngôi chùa như vậy. Theo các nhà sư kể lại, trước đây chùa trồng rất nhiều cây sao và dầu nên đã thu hút loài dơi về sinh sống, trú ngụ. Cứ đến buổi chiều là hàng vạn con dơi lại kéo đến che kín hết sân chùa và bầu trời. Thế nhưng sư sãi và người dân ở đây lại không hề sợ sệt loài dơi, ngược lại họ còn coi đây là điềm lành, cho thức ăn và bảo vệ chúng.
Dường như loài dơi thấu hiểu tấm lòng của các sư sãi và Phật tử nên chúng chưa bao giờ ăn hay phá hoại bất cứ loại trái cây nào trong vườn. Thậm chí khi di chuyển, chúng cũng tự động bay lượn đường vòng chứ không bao giờ bay vào khu vực chánh điện.

Đàn dơi tại Chùa Mahatup chủ yếu hoạt động vào ban đêm, khoảng từ 6h chiều chúng sẽ bay đi kiếm ăn và quay về vào sáng sớm hôm sau. Mặc dù ở Sóc Trăng cũng còn nhiều ngôi chùa thanh tịnh khác với cây cối um tùm nhưng lí do gì chúng chỉ đến sinh sống ở ngôi chùa này thì không ai biết.

Sự nổi tiếng của đàn dơi lớn đến mức, nhiều người đến đây chỉ để được tận mắt nhìn thấy chúng. Không những vậy, khách thập phương ngoài đồ lễ còn chuẩn bị thêm cả trái cây để cho đàn dơi ăn.

Nếu bạn muốn check-in thật xinh tại đây thì nên thuê trang phục truyền thống của người Khmer. Tùy chất lượng đồ mà giá sẽ khác nhau, thường vào khoảng 150.000 đến 250.000 VND là bạn đã có nguyên một bộ đồ cực xinh rồi.
Vì tham quan trong chùa nên bạn cần chọn trang phục lịch sự, kín đáo. Vào khuôn viên chùa, bạn cần giữ trật tự, không đùa giỡn lớn tiếng, không mang theo đồ ăn vào, không xả rác và ngắt cây, bẻ cành.

Theo kinh nghiệm khám phá Sóc Trăng, trong chùa có rất nhiều dơi. Chúng rất dạn người và thân thiện nên bạn có thể lại gần. Tuy nhiên, theo nhiều nghiên cứu thì dơi thường mang một số mầm bệnh nên bạn hãy chú ý giữ khoảng cách phù hợp để đảm bảo an toàn.